Ero sivun ”Epidemiologinen malli” versioiden välillä

Kohteesta Opasnet Suomi
Loikkaa: valikkoon, hakuun
p
(teknistä viilausta)
 
(22 välissä olevaa versiota 4 käyttäjän tekeminä ei näytetä)
Rivi 4: Rivi 4:
 
== Kysymys ==
 
== Kysymys ==
  
−
Miten arvioidaan vakavan pneumokokkitaudin [[tautitaakka]] tilanteessa, jossa  
+
Miten arvioidaan vakavan pneumokokkitaudin [[tautitaakka]] tilanteessa, jossa
−
kansallisessa rokotusohjelmassa on jo vuodesta 2010 lähtien käytetty pikkulapsille tiettyjä rokoteserotyyppejä sisältävää konjugaattirokotetta?
+
kansalliseeen rokotusohjelmaan on valittu tietyt rokoteserotyypit sisältävä konjugaattirokote?
  
 
* Vakava pneumokokkitauti tarkoittaa invasiivista, veriviljelyllä varmennettua pneumokokkitautia (ks. [[Vertailuperusteet|vertailuperusteet]]).
 
* Vakava pneumokokkitauti tarkoittaa invasiivista, veriviljelyllä varmennettua pneumokokkitautia (ks. [[Vertailuperusteet|vertailuperusteet]]).
Rivi 11: Rivi 11:
 
* Rokotuskattavuus, rokotteen teho ja aika rokotusten aloittamisesta ovat riittävät, jotta rokoteserotyyppien nielukantajuus ja tauti häviävät.
 
* Rokotuskattavuus, rokotteen teho ja aika rokotusten aloittamisesta ovat riittävät, jotta rokoteserotyyppien nielukantajuus ja tauti häviävät.
 
* Oletetaan, että rokoteserotyyppien nielukantajuus korvautuu täysin muilla pneumokokin serotyypeillä, joiden taudinaiheuttamiskyky säilyy ennallaan.
 
* Oletetaan, että rokoteserotyyppien nielukantajuus korvautuu täysin muilla pneumokokin serotyypeillä, joiden taudinaiheuttamiskyky säilyy ennallaan.
−
:{{attack|# |Nämä bulletit ovat asioita, jotka löytyvät jo perusteluista. Ne voisi kenties poistaa tästä?|--[[Käyttäjä:Heta|Heta]] ([[Keskustelu käyttäjästä:Heta|keskustelu]]) 16. heinäkuuta 2014 kello 08.29 (UTC)}}
+
 
  
 
== Vastaus ==
 
== Vastaus ==
  
−
Ennuste vakavien pneumokokkitautitapausten vuosittaisesta määrästä ikäluokittain
+
Ennuste vakavien pneumokokkitautitapausten vuosittaisesta määrästä ikäluokittain lasketaan laskennallisen mallin avulla (ks. 'Perustelut' alla). Tässä vaiheessa ennuste koskee veriviljelypositiivista vakavaa pneumokokkitautia (invasive pneumococcal disease, IPD).
−
lasketaan laskennallisen mallin avulla (ks. 'Perustelut' alla). Tässä vaiheessa ennuste koskee veriviljelypositiivista vakavaa pneumokokkitautia (invasive pneumococcal disease, IPD).
+
 
 +
Voit verrata eri rokotteita keskenään tai rokotetta/rokotteita tilanteeseen, jossa ei rokoteta lainkaan.
 +
 
 +
<br>
 +
* <big>'''<u>Ohje käyttäjälle: Valitse vertailuun haluamasi rokotteet ja klikkaa painiketta "Aja koodi".</u>'''
  
−
'''Ohje käyttäjälle:''' Voit verrata eri rokotteita keskenään tai rokotetta/rokotteita tilanteeseen, jossa ei rokoteta lainkaan. Valitse ensin vertailuun haluamasi rokotteet. PCV10, PCV13 ja 'Ei rokoteta'-skenaario voi tehdä suoravalintana. Sen lisäksi voit tarkastella myös rokotetta, johon itse valitset haluamasi serotyypit. Valintojen jälkeen klikkaa painiketta "Aja koodi". Tulokset lasketaan erilliselle välilehdelle.
+
PCV10, PCV13 ja 'Ei rokoteta'-skenaarion voi tehdä suoravalintana. Sen lisäksi voit tarkastella myös rokotetta, johon itse valitset haluamasi serotyypit. Tulokset lasketaan erilliselle välilehdelle. </big>
  
 
<rcode embed=0 graphics=1 variables="
 
<rcode embed=0 graphics=1 variables="
Rivi 66: Rivi 70:
 
library(OpasnetUtils)
 
library(OpasnetUtils)
 
library(ggplot2)
 
library(ggplot2)
−
 
−
#vacc1 <- vac
 
−
#vacc2 <- custom_vac
 
  
 
if(custom_vac) {
 
if(custom_vac) {
Rivi 80: Rivi 81:
 
)
 
)
  
−
# Ulkoinen säilö datalle jollain sivulla?
+
temp <- opbase.data("Op_en6353", subset = "serotypes_in_typical_pneumococcal_vaccines")
−
temp <- data.frame(
+
temp$Obs <- NULL
−
Vaccine = rep(c("PCV10", "PCV13"), c(9, 12)),
+
colnames(temp)[colnames(temp) == "Result"] <- "Serotype"
−
Serotype = c('19F', '23F', '6B', '14', '9V', '4', '18C', '1', '7',
 
−
                            '19F', '23F', '6B', '14', '9V', '4', '18C', '1', '7', '3', '6A', '19A'
 
−
                                )
 
−
)
 
  
 
user_args$Vaccines <- temp[temp$Vaccine %in% user_args$Scenario, ]
 
user_args$Vaccines <- temp[temp$Vaccine %in% user_args$Scenario, ]
Rivi 96: Rivi 93:
 
)
 
)
 
}
 
}
−
 
−
#if(!exists("servac_user")) servac_user <- c('19F', '23F', '6B', '14', '9V', '4', '18C', '1', '7')
 
−
 
−
 
  
 
objects.latest("Op_en6353", code_name = "initiate") # [[:op_en:Epidemiological modelling]] ovariables VacCar, VacIPD
 
objects.latest("Op_en6353", code_name = "initiate") # [[:op_en:Epidemiological modelling]] ovariables VacCar, VacIPD
Rivi 105: Rivi 98:
  
 
openv.setN(100)
 
openv.setN(100)
−
 
−
## Read the annual IPD and carriage incidence data.
 
−
## The 0 entries in IPD and carriage data are replaced by small values.
 
−
# Korvaa alla oleva koodi tällä datalla (on sama data), jos sitä nyt tarvitaan johonkin:
 
−
# http://fi.opasnet.org/fi/Special:Opasnet_Base?id=op_fi4414.pneumokokki_vaestossa
 
−
#
 
−
# Huom (MN 15.7.2014): muuttujan op_fi4414.pneumokokki_vaestossa luvut ovat itse asiassa tapausten 
 
−
#  lukummäriä Suomessa per vuosi (vaikka datan kuvauksessa mainitaan nyt "#/100000py")
 
−
# Huom (Jouni 16.7.): voitko korjata ne kohdat joissa tuo virhe on? Itse en ole ihan varma joten mieluummin en lähtisi säätämään.
 
−
 
−
serotypes<-c(
 
−
"19F", "23F", "6B", "14", "9V", "4", "18C", "1", "7",
 
−
"6A", "19A", "3", "8", "9N", "10", "11", "12", "15",
 
−
"16", "20", "22", "23A", "33", "35", "38", "6C", "Oth")
 
−
car_under5<-c(
 
−
156030, 156030, 126990, 41200, 22290, 12830, 10130, 10, 14180,
 
−
54940, 24320, 12160, 1350, 20940, 4050, 72270, 10, 33100,
 
−
3380, 1350, 12160, 3380, 680, 30400, 4050, 27470, 24320 )
 
−
car_over5<-c(
 
−
168100, 314800, 256700, 209800, 114100, 62500, 200700, 100, 100,
 
−
158800, 54900, 30800, 8800, 8800, 20800, 97700, 100, 100,
 
−
191900, 25200, 72500, 22000, 100, 71300, 100, 79400, 330100 )
 
−
ipd_under5<-c(
 
−
7.78, 7.88, 24.39, 20.76, 2.91, 2.91, 6.64, 0.31, 3.02,
 
−
3.94, 9.88, 1.25, 0.10, 0.83, 0.41, 0.42, 0.21, 1.98,
 
−
0.21, 0.01, 0.93, 0.10, 0.42, 0.31, 0.42, 0.01, 0.73 )
 
−
ipd_over5<-c(
 
−
28.51, 53.72, 29.53, 99.43, 43.07, 76.99, 24.39, 6.58, 46.88,
 
−
17.42, 20.54, 55.04, 11.21, 25.20, 6.28, 12.76, 13.89, 9.18,
 
−
4.73, 3.29, 29.03, 4.40, 5.64, 12.41, 1.43, 5.50, 11.20 )
 
−
 
−
## Combine the data into 2 matrices of dimension 27*2:
 
−
IPD<-cbind(ipd_under5, ipd_over5)
 
−
Car<-cbind(car_under5, car_over5)
 
−
 
−
## Row numbers corresponding to the 3 different PCV formulations
 
−
## in matrices IPD and Car. Note: there is no serotype 5 in our data.
 
−
pcv7rows<-seq(7); pcv10rows<-seq(9); pcv13rows<-seq(12)
 
−
 
−
 
−
## Example S1.2A: Calculate the predicted incidence of IPD for the non-vaccine
 
−
## types(NVTs) under PCV13. The predictions are calculated separately for the
 
−
## two age classes. These are the values reported on the bottom panel in
 
−
## Figure 2 (there given as per 100K incidences).
 
−
postvacc <-Vaccination(IPD,Car,VT_rows=pcv13rows,p=1,q=1)
 
−
 
−
 
−
## Example S1.2B: Decrease in IPD incidence after adding a single new serotype
 
−
## to PCV13 separately for the two age categories.
 
−
next_under5<-NextVT(IPD[,1],Car[,1], VT_rows=pcv13rows,p=1)
 
−
next_over5 <-NextVT(IPD[,2],Car[,2], VT_rows=pcv13rows,p=1)
 
−
 
−
# Nämä taulukot kannattaisi transposata niin näyttäisivät siistimmiltä.
 
−
 
−
## Example S1.3A: The optimal sequence for under 5 year olds when replacement is 100%.
 
−
## The output shows the decreases in IPD incidence for each step,
 
−
## corresponding to Figure 5(C). The last serotype (row 27, the category "Other")
 
−
## is excluded from any vaccine composition but is taken into account as a
 
−
## replacing serotype at each stage.
 
−
opt<-OptimalSequence(IPD[,1],Car[,1],VT_rows=0,Excluded_rows=27,p=1.0,HowmanyAdded=20)
 
−
 
−
 
−
## Example S1.3B: The optimal sequence for the whole population when
 
−
## replacement is 50% and the current composition includes the PCV7 serotypes.
 
−
opt<-OptimalSequence(IPD,Car, VT_rows=pcv7rows,Excluded_rows=length(serotypes),
 
−
p=0.5,HowmanyAdded=17)
 
−
 
−
 
−
###################################
 
  
 
## Read the annual IPD and carriage incidence data.
 
## Read the annual IPD and carriage incidence data.
Rivi 183: Rivi 107:
 
Car <- Ovariable("Car", ddata = "Op_fi4305.pneumokokki_vaestossa")
 
Car <- Ovariable("Car", ddata = "Op_fi4305.pneumokokki_vaestossa")
 
Car@data <- Car@data[Car@data$Observation == "Carrier" , colnames(Car@data) != "Observation"]
 
Car@data <- Car@data[Car@data$Observation == "Carrier" , colnames(Car@data) != "Observation"]
 +
 +
serotypes<-c(
 +
"19F", "23F", "6B", "14", "9V", "4", "18C", "1", "7",
 +
"6A", "19A", "3", "8", "9N", "10", "11", "12", "15",
 +
"16", "20", "22", "23A", "33", "35", "38", "6C", "Oth"
 +
)
 +
 +
# Näyttää monimutkaiselta tuo servacin määrittely. Eikö voisi tehdä helpomminkin?
  
 
servac <- merge(data.frame(Vaccine = user_args$Scenario), data.frame(Serotype = serotypes))
 
servac <- merge(data.frame(Vaccine = user_args$Scenario), data.frame(Serotype = serotypes))
Rivi 195: Rivi 127:
 
data = servac
 
data = servac
 
)
 
)
−
#data.frame(
 
−
#Vaccine = rep(c("Current", "New"), each = length(serotypes)),
 
−
#Serotype = serotypes,
 
−
#Result = as.numeric(c(
 
−
# serotypes %in% c("19F", "23F", "6B", "14", "9V", "4", "18C", "1", "7"),
 
−
# serotypes %in% servac_user
 
−
# ))
 
−
#))
 
  
−
p_user<-q_user<-adultcarriers<-1
+
p_user <- q_user <- adultcarriers <- 1
  
 
p <- Ovariable("p", data = data.frame(Result = p_user))
 
p <- Ovariable("p", data = data.frame(Result = p_user))
Rivi 224: Rivi 148:
 
oprint(summary(VacCar))
 
oprint(summary(VacCar))
 
cat("Incidence of invasive pneumococcal disease.\n")
 
cat("Incidence of invasive pneumococcal disease.\n")
−
oprint(summary(VacIPD))  }
+
oprint(summary(VacIPD))   
−
 
+
}
−
 
 
−
 
 
  
 
if("Iter" %in% colnames(VacCar@output)) N <- max(VacCar@output$Iter) else N <- 1
 
if("Iter" %in% colnames(VacCar@output)) N <- max(VacCar@output$Iter) else N <- 1
Rivi 253: Rivi 175:
  
 
Mallissa keskitytään tarkastelemaan vakavia eli invasiivisia, veriviljelyllä varmennettua pneumokokkitautia (ks. [[Vertailuperusteet|vertailuperusteet]]). Nämä syntyvät bakteerien päästessä elimistön muuten steriileille alueille vereen, selkäydinnesteeseen tai aivoihin, joissa ne aiheuttavat bakteremiaa ja aivokalvontulehdusta. Pneumokokkien aiheuttamat välikorvan tulehdukset ja keuhkokuumeet jäävät vähemmälle huomiolle.
 
Mallissa keskitytään tarkastelemaan vakavia eli invasiivisia, veriviljelyllä varmennettua pneumokokkitautia (ks. [[Vertailuperusteet|vertailuperusteet]]). Nämä syntyvät bakteerien päästessä elimistön muuten steriileille alueille vereen, selkäydinnesteeseen tai aivoihin, joissa ne aiheuttavat bakteremiaa ja aivokalvontulehdusta. Pneumokokkien aiheuttamat välikorvan tulehdukset ja keuhkokuumeet jäävät vähemmälle huomiolle.
 +
 +
Korvautumismalli on rakennettu vastaamaan konjugaattirokotteiden käytöstä viimeisten 15 vuoden aikana eri puolilla maailmaa kertynyttä kokemusta ja alan tieteellistä tutkimusta. Joistakin viimeisimmistä alan vertaisarvioiduista tutkimusartikkeleista on luettelo erillisellä sivulla: [[Viitteet]].
  
 
=== Korvautuminen ===
 
=== Korvautuminen ===
  
 
[[Korvautuminen]] on ilmiö, jossa rokotusten hävittämät pneumokokkiserotyypit korvautuvat väestössä osittain muilla serotyypeillä. Tällöin pneumokokkien kokonaismäärä ei vähene väestössä niin paljon kuin rokoteserotyyppien yleisyys antaisi olettaa. Ilmiötä on tarkemmin kuvattu [[korvautuminen|omalla sivullaan]].
 
[[Korvautuminen]] on ilmiö, jossa rokotusten hävittämät pneumokokkiserotyypit korvautuvat väestössä osittain muilla serotyypeillä. Tällöin pneumokokkien kokonaismäärä ei vähene väestössä niin paljon kuin rokoteserotyyppien yleisyys antaisi olettaa. Ilmiötä on tarkemmin kuvattu [[korvautuminen|omalla sivullaan]].
−
<br> <br>
+
 
 
[[File:Model_kuva_simplified2.jpg|thumb|center|600px|'''Kuva 1. Korvautumismallin periaate.'''  
 
[[File:Model_kuva_simplified2.jpg|thumb|center|600px|'''Kuva 1. Korvautumismallin periaate.'''  
 
Pneumokokin nielukantajuus (carriage, x-akseli) ja sairastumistapaukset kantajuusepisodia kohden (case-to-carrier ratio, y-akseli) rokotteen serotyypeille (VT) ja serotyypeille joihin rokote ei vaikuta (NVT) ennen rokotusohjelmaa (kuva A) ja sen jälkeen (kuva A). Sairastumistapaukset (DVT ja DNVT) on saatu kertomalla akseleiden arvot ja ne vastaavat kuvaajassa suorakulmion muotoisia alueita. Rokottamisen vaikutuksesta rokoteserotyyppien nielukantajuus häviää ja korvautuu muiden serotyyppien kantajuudella (kuva B). Tautitapausten määrä laskee hävinneen ja korvaavan nielukantajuuden sairastuttavuuden (RVT ja RNVT) eroavuuden vuoksi. Tautihäviämä on (kuva B) merkitty sinisellä suorakulmiolla.]]
 
Pneumokokin nielukantajuus (carriage, x-akseli) ja sairastumistapaukset kantajuusepisodia kohden (case-to-carrier ratio, y-akseli) rokotteen serotyypeille (VT) ja serotyypeille joihin rokote ei vaikuta (NVT) ennen rokotusohjelmaa (kuva A) ja sen jälkeen (kuva A). Sairastumistapaukset (DVT ja DNVT) on saatu kertomalla akseleiden arvot ja ne vastaavat kuvaajassa suorakulmion muotoisia alueita. Rokottamisen vaikutuksesta rokoteserotyyppien nielukantajuus häviää ja korvautuu muiden serotyyppien kantajuudella (kuva B). Tautitapausten määrä laskee hävinneen ja korvaavan nielukantajuuden sairastuttavuuden (RVT ja RNVT) eroavuuden vuoksi. Tautihäviämä on (kuva B) merkitty sinisellä suorakulmiolla.]]
  
−
=== Funktioiden alustus ===
+
=== Aineisto ===
−
 
 
−
Mallissa käytetään samoja funktioita ja ovariableja kuin englanninkielisessä mallissa. Katso siis [[:op_en:Epidemiological modelling#Initiate functions]].
 
−
 
 
−
=== Laskenta ===
 
−
 
 
−
Seuraava ohjelma havainnollistaa korvautumismallia. Ohjelmassa voidaan verrata keskenään rokotteita PCV10 ja PCV13. Lisäksi mukana vertailussa voi olla käyttäjän valitsemat serotyypit sisältävä pneumokokkirokote sekä tilanne, jossa ei rokoteta. Tuloksena esitetään mallin mukainen vakavien pneumokokkitautitapausten lukumäärä Suomessa vuosittain ensin serotyyppikohtaisesti ja sen jälkeen erikseen ikäluokissa <5 vuotta ja 5+ vuotta. Ohjelmakoodi perustuu viitteen <ref name="optimal"></ref> liitetiedostoon S1.
 
−
{{comment|# |Tämän ohjelmakoodin tarjoamia valintavaihtoehtoja tullaan laajentamaan siten, että osalle serotyypeistä voidaan rokotteen olettaa antavan osittaisen suojan tautia vastaan ilman vaikutusta nielukantajuuteen.|--[[Käyttäjä:Mnud|Markku N.]] ([[Keskustelu käyttäjästä:Mnud|keskustelu]]) 27. kesäkuuta 2014 kello 10.12 (UTC)}}
 
−
 
 
−
{{attack|# |Malli ilmeisesti olettaa rokotteelle 100-prosenttisen tehon, siis että rokotteen saaneet eivät voi tautia saada. Minusta rokotteen turvallisuudesta näkemyksiä kaivaessani vastaan tuli jonkun viranomaisen sanomana, että rokote ei kuitenkaan ole ihan näin tehokas. Jos tuo oikea teho tiedetään, niin eikö laskenta pitäisi tehdä sillä, eikä oletuksella, että se toimii kaikilla täydellisest?|--[[Käyttäjä:Heta|Heta]] ([[Keskustelu käyttäjästä:Heta|keskustelu]]) 16. heinäkuuta 2014 kello 07.29 (UTC)}}
 
−
 
 
−
Alkuperäinen koodi arkistoitu [[http://opasnet.fi/fi_wiki/index.php?title=Epidemiologinen_malli&oldid=24968#Laskenta täällä]].
 
−
 
 
−
=== Data ===
 
  
−
Pneumokokin esiintyvyys suomalaisessa väestössä. Carrier: (oireettomien) kantajuusedpisodien lukumäärä vuodessa, Incidence: invasiivisten pneumokokkitautitapausten lukumäärä vuodessa.
+
Epidemiologinen malli perustuu kahteen aineistoon: (a) pneumokokkibakteerin nielukantajuuden ilmaantuvuus ja serotyyppijakauma sekä (b) vakavan pneumokokkitaudin ilmaantuvuus. Ks. aineistot alla olevast linkistä.
  
 
{{piilotettu|
 
{{piilotettu|
  
−
Alla olevan taulukon data otettu [http://www.thl.fi/documents/605812/607681/IPD_liitetaulukot_2014.xlsx/6d44e843-0e98-4f11-bf58-aa203d2e734e täältä].
+
Pneumokokin nielukantajuus (sarake Kantajuus, oireettomien kantajuusepisodien arvioitu lukumäärä vuodessa vuodessa)ja vakavan pneumokokkitaudin (IPD) keskimääräinen tapausmäärä vuodessa (sarake IPD) serotyypeittäin ja erikseen ikäryhmissä <5 ja 5+ vuotiaat. IPD-aineisto on vuosilta 2000-2009. Epidemiologisen mallin laskenta perustuu tähän aineistoon. Aineisto on sama kuin mallin esitelleessä tutkimisartikkelissa <ref name="optimal"></ref> käytetty aineisto.
  
−
<t2b name='Pneumokokki väestössä' index='Serotype,Age,Observation' locations='Carrier,Incidence' unit='#, #/100000py'>
+
<t2b name='Pneumokokki väestössä ' index='Serotyyppi,Ikäluokka,Observation' locations='Kantajuus,IPD' unit='tapausten lukumäärä vuodessa'>
 
19F|Under 5|156030|7.78
 
19F|Under 5|156030|7.78
 
23F|Under 5|156030|7.88
 
23F|Under 5|156030|7.88
Rivi 339: Rivi 250:
 
</t2b>
 
</t2b>
  
−
<t2b name='Vakavan pneumokokkitaudit ikäryhmittäin vuosina 2004-2013' index='Vuosi,Ikä,Observation' locations='PCV10-rokotteen pneumokokkityypit,PCV10-rokotteen sukulaistyypit,Muut kuin PCV-rokotteen pneumokokkityypit ja niiden sukulaistyypit,Tyypittämättömät näytteet,Kaikki pneumokokkibakteerityypit' unit='ilmaantuvuus/100 000 henkilövuotta'>
 
−
2004|0-1|35.8|20.1|5.2|4.4|61.2
 
−
2005|0-1|48.5|11.3|2.6|5.2|62.3
 
−
2006|0-1|57.3|6|5.1|0.9|68.5
 
−
2007|0-1|53.4|10.2|2.5|0|66.1
 
−
2008|0-1|42.1|7.6|4.2|1.7|53.9
 
−
2009|0-1|41.5|7.5|2.5|2.5|51.5
 
−
2010|0-1|43.5|3.3|3.3|1.6|50
 
−
2011|0-1|28|2.5|6.6|0|37
 
−
2012|0-1|6.7|0.8|5|0|12.5
 
−
2013|0-1|5.8|4.2|5.8|0.8|15.8
 
−
2004|2-4|18.3|4.1|0.6|2.4|23
 
−
2005|2-4|16.5|3.5|1.2|1.8|21.2
 
−
2006|2-4|14.6|2.3|0.6|0|17.5
 
−
2007|2-4|23|2.3|0.6|1.2|25.9
 
−
2008|2-4|14.7|1.7|1.7|0|18.1
 
−
2009|2-4|15.2|2.3|0|0.6|17.4
 
−
2010|2-4|20|1.7|1.1|0.6|17.4
 
−
2011|2-4|8.8|4.4|1.7|0|14.9
 
−
2012|2-4|8.2|1.1|0|0|9.2
 
−
2013|2-4|1.6|3.3|2.7|0|7.6
 
−
2004|5-17|1.7|0.1|0.1|0|1.9
 
−
2005|5-17|2.1|0|0.4|0.2|2.4
 
−
2006|5-17|1.8|0|0.4|0.1|2.2
 
−
2007|5-17|1.6|0.4|0.5|0.2|2.5
 
−
2008|5-17|2.4|0.1|0.4|0.1|2.9
 
−
2009|5-17|3|0.1|0.4|0.1|2.9
 
−
2010|5-17|1.4|0.6|0.1|0.3|2.2
 
−
2011|5-17|1.9|0.3|0.5|0|2.7
 
−
2012|5-17|0.9|0.4|0.6|0|1.9
 
−
2013|5-17|1.2|0.4|0.3|0|1.8
 
−
2004|18-49|6.6|0.6|1.8|0.3|9
 
−
2005|18-49|5.5|0.8|1.5|0.4|7.8
 
−
2006|18-49|5.2|0.9|1.4|0.2|7.5
 
−
2007|18-49|5.6|0.4|1.7|0.2|7.7
 
−
2008|18-49|7.2|0.7|2.1|0.5|10.1
 
−
2009|18-49|6.6|0.5|2.1|0.3|9.3
 
−
2010|18-49|5.1|0.6|2.6|0.4|8.4
 
−
2011|18-49|4.9|0.7|1.9|0|7.6
 
−
2012|18-49|3.7|1|1.8|0|6.5
 
−
2013|18-49|3.7|0.8|2.5|0.2|7.1
 
−
2004|50-64|10.4|1.8|4.9|1.4|17.2
 
−
2005|50-64|11.8|1.4|4.9|1.4|17.2
 
−
2006|50-64|11.8|1.4|5.3|0.9|18.5
 
−
2007|50-64|10.8|1.9|3.3|0.8|16
 
−
2008|50-64|12.2|3|6.9|1|22.2
 
−
2009|50-64|12.4|2.4|5|0.9|19.8
 
−
2010|50-64|12.3|2.2|5.2|0.8|19.6
 
−
2011|50-64|9.6|3.2|6.4|0.3|19.3
 
−
2012|50-64|9.4|3.3|6.5|0.1|19.2
 
−
2013|50-64|7.4|3.6|6.9|0.4|17.9
 
−
2004|65-|16.6|4.6|7.6|1|28.8
 
−
2005|65-|16.6|4.3|6.3|2|27.2
 
−
2006|65-|19.3|3.9|7.8|1.6|31.1
 
−
2007|65-|20.8|3.9|9|0.6|33.7
 
−
2008|65-|23.1|4.6|9|1.7|36.7
 
−
2009|65-|19|4.9|8.5|1.5|32.4
 
−
2010|65-|18.5|5.1|8.7|1.5|32.3
 
−
2011|65-|15.4|5.2|9.8|0.4|30.4
 
−
2012|65-|14.8|6.7|12.2|0.6|33.7
 
−
2013|65-|11.1|8.6|11.7|0.9|31.4
 
−
2004|Kaikki|8.7|1.8|3|0.7|14.3
 
−
2005|Kaikki|8.8|1.5|2.7|0.9|13.9
 
−
2006|Kaikki|9.3|1.6|2.6|0.6|14.1
 
−
2007|Kaikki|9.8|1.6|3.2|0.4|14.9
 
−
2008|Kaikki|10.8|1.9|3.9|0.8|17.3
 
−
2009|Kaikki|10.1|1.8|3.4|0.7|16
 
−
2010|Kaikki|9.4|1.7|3.7|0.7|15.5
 
−
2011|Kaikki|8|2.1|4.2|0.2|14.4
 
−
2012|Kaikki|6.7|2.4|4.5|0.1|13.8
 
−
2013|Kaikki|5.3|2.9|4.8|0.4|13.4
 
−
</t2b>
 
 
}}
 
}}
 +
 +
=== Laskenta ===
 +
 +
Laskentaohjelman avulla voidaan verrata keskenään rokotteita PCV10 ja PCV13 (ks. käyttöliittymä yllä kohdassa 'Vastaus'). Lisäksi mukana vertailussa voi olla käyttäjän valitsemat serotyypit sisältävä pneumokokkirokote sekä tilanne, jossa ei rokoteta. Tuloksena esitetään mallin mukainen vakavien pneumokokkitautitapausten lukumäärä Suomessa vuosittain ensin serotyyppikohtaisesti ja sen jälkeen erikseen eri ikäluokissa. Ohjelmakoodi perustuu viitteen <ref name="optimal"></ref> liitetiedostoon S1.
 +
 +
Alkuperäinen koodi arkistoitu [http://opasnet.fi/fi_wiki/index.php?title=Epidemiologinen_malli&oldid=24970#Vastaus täällä].
 +
 +
=== Herkkyysanalyysi ===
 +
 +
Epidemiologisen mallin herkyyttä rokotteisiin sisältyvien serotyyppien oletetun suojan suhteen tarkastellaan erillisellä sivulla: [[:op_en:Sensitivity_analysis_pcv_model|herkkyysanalyysi]]. Herkkyysanalyysin perusteella mallin antamiin ennusteisiin eniten vaikuttava oletus liittyy serotyypin 3 rooliin 13-valenttisessa rokotteessa.
 +
 +
=== Funktioiden alustus (vain sovelluskehittäjille) ===
 +
 +
Mallissa käytetään samoja funktioita ja ovariableja kuin englanninkielisessä mallissa. Katso siis [[:op_en:Epidemiological modelling#Initiate functions]].
  
 
== Katso myös ==
 
== Katso myös ==

Nykyinen versio 8. syyskuuta 2014 kello 10.01

Edistymisluokitus
Opasnetissa lukuisat sivut ovat työn alla eri vaiheissa. Niiden tietosisältöön pitää siis suhtautua harkiten. Tämän sivun sisällön edistyminen on arvioitu:
Tämä sivu on täysluonnos
Sivu on kirjoitettu kertaalleen alusta loppuun eli kaikki olennaiset sisällöt ovat jo paikoillaan. Kuitenkaan sisältöjä ei ole vielä kunnolla tarkistettu, ja esimerkiksi tärkeitä viitteitä voi puuttua.


Kysymys

Miten arvioidaan vakavan pneumokokkitaudin tautitaakka tilanteessa, jossa kansalliseeen rokotusohjelmaan on valittu tietyt rokoteserotyypit sisältävä konjugaattirokote?

  • Vakava pneumokokkitauti tarkoittaa invasiivista, veriviljelyllä varmennettua pneumokokkitautia (ks. vertailuperusteet).
  • Arvioidaan tautitapausten vuosittainen määrä kaikissa ikäryhmissä.
  • Rokotuskattavuus, rokotteen teho ja aika rokotusten aloittamisesta ovat riittävät, jotta rokoteserotyyppien nielukantajuus ja tauti häviävät.
  • Oletetaan, että rokoteserotyyppien nielukantajuus korvautuu täysin muilla pneumokokin serotyypeillä, joiden taudinaiheuttamiskyky säilyy ennallaan.


Vastaus

Ennuste vakavien pneumokokkitautitapausten vuosittaisesta määrästä ikäluokittain lasketaan laskennallisen mallin avulla (ks. 'Perustelut' alla). Tässä vaiheessa ennuste koskee veriviljelypositiivista vakavaa pneumokokkitautia (invasive pneumococcal disease, IPD).

Voit verrata eri rokotteita keskenään tai rokotetta/rokotteita tilanteeseen, jossa ei rokoteta lainkaan.


  • Ohje käyttäjälle: Valitse vertailuun haluamasi rokotteet ja klikkaa painiketta "Aja koodi".

PCV10, PCV13 ja 'Ei rokoteta'-skenaarion voi tehdä suoravalintana. Sen lisäksi voit tarkastella myös rokotetta, johon itse valitset haluamasi serotyypit. Tulokset lasketaan erilliselle välilehdelle.

Skenaariot

Mitkä vaihtoehdot otetaan tarkasteluun?:
PCV-10
PCV-13
Ei rokoteta

Haluatko lisäksi määritellä oman rokotteen?:

Oma rokote

Valitse serotyypit uuteen konjugaattirokotteeseen:
1
3
4
6A
6B
6C
7F
8
9N
9V
10
11
12
14
15
16
18C
19A
19F
20
22
23A
23F
33
35
38
Other

+ Näytä koodi

Perustelut

Pneumokokkitaudin rokotusten jälkeinen tautitaakka arvioidaan nielukantajuuden laskennallisen korvautumismallin [1] avulla. Mallissa rokoteserotyyppien nielukantajuus häviää vähitellen rokotusohjelman kohdeväestöstä sekä rokotetun että rokottamattoman väestönosan keskuudessa. Samalla rokotetyyppien nielukantajuus korvautuu ei-rokotetyyppien kantajuudella. Tämän korvautumisen seuraukset voidaan laskea ennen rokotuksia vallinneiden serotyyppikohtaisten nielukantajuusosuuksien ja tautimäärien perusteella. Mallissa oletetaan, että rokoteserotyyppien nielunkantajuus korvautuu täysin ei-rokotetyyppien kantajuudella rokotteen saamimsen jälkeen.

Korvautumisen seuraukset riippuvat oleellisesti kahdesta mallissa hyödynnetystä oletuksesta

  1. Rokotteeseen kuulumattomien serotyyppien nielukantajuusosuudet toisiinsa verrattuina eivät muutu rokotuksen vaikutuksesta
  2. Rokotuksella ei ole vaikutusta yksittäisten serotyyppien taudinaiheuttamiskykyyn

Rokottamisen vaikutus tautimäärään lasketaan nielukantajuuden muutosten kautta ja korvautuminen pneumokokkiserotyyppien nielukantajuudessa heijastuu suoraan muutoksena niiden aiheuttamissa tautimäärissä. Rokotusten vaikutus kokonaistautitaakkaan riippuu oleellisesti rokoteserotyyppien taudinaiheuttamiskyvystä verrattuna muiden serotyyppien taudinaiheuttamiskykyyn. Joidenkin serotyyppien kohdalla tarkastellaan kuitenkin myös vaihtoehtoista oletusta, jossa rokote voi vähentää serotyypin aiheuttaman taudin esiintymistä rokotettujen keskuudessa ilman vaikutusta nielukantajuuteen. Pneumokokkien aiheuttama vuosittainen tautimäärä arvioidaan kaikissa ikäryhmissä.

Mallissa keskitytään tarkastelemaan vakavia eli invasiivisia, veriviljelyllä varmennettua pneumokokkitautia (ks. vertailuperusteet). Nämä syntyvät bakteerien päästessä elimistön muuten steriileille alueille vereen, selkäydinnesteeseen tai aivoihin, joissa ne aiheuttavat bakteremiaa ja aivokalvontulehdusta. Pneumokokkien aiheuttamat välikorvan tulehdukset ja keuhkokuumeet jäävät vähemmälle huomiolle.

Korvautumismalli on rakennettu vastaamaan konjugaattirokotteiden käytöstä viimeisten 15 vuoden aikana eri puolilla maailmaa kertynyttä kokemusta ja alan tieteellistä tutkimusta. Joistakin viimeisimmistä alan vertaisarvioiduista tutkimusartikkeleista on luettelo erillisellä sivulla: Viitteet.

Korvautuminen

Korvautuminen on ilmiö, jossa rokotusten hävittämät pneumokokkiserotyypit korvautuvat väestössä osittain muilla serotyypeillä. Tällöin pneumokokkien kokonaismäärä ei vähene väestössä niin paljon kuin rokoteserotyyppien yleisyys antaisi olettaa. Ilmiötä on tarkemmin kuvattu omalla sivullaan.

Kuva 1. Korvautumismallin periaate. Pneumokokin nielukantajuus (carriage, x-akseli) ja sairastumistapaukset kantajuusepisodia kohden (case-to-carrier ratio, y-akseli) rokotteen serotyypeille (VT) ja serotyypeille joihin rokote ei vaikuta (NVT) ennen rokotusohjelmaa (kuva A) ja sen jälkeen (kuva A). Sairastumistapaukset (DVT ja DNVT) on saatu kertomalla akseleiden arvot ja ne vastaavat kuvaajassa suorakulmion muotoisia alueita. Rokottamisen vaikutuksesta rokoteserotyyppien nielukantajuus häviää ja korvautuu muiden serotyyppien kantajuudella (kuva B). Tautitapausten määrä laskee hävinneen ja korvaavan nielukantajuuden sairastuttavuuden (RVT ja RNVT) eroavuuden vuoksi. Tautihäviämä on (kuva B) merkitty sinisellä suorakulmiolla.

Aineisto

Epidemiologinen malli perustuu kahteen aineistoon: (a) pneumokokkibakteerin nielukantajuuden ilmaantuvuus ja serotyyppijakauma sekä (b) vakavan pneumokokkitaudin ilmaantuvuus. Ks. aineistot alla olevast linkistä.



Laskenta

Laskentaohjelman avulla voidaan verrata keskenään rokotteita PCV10 ja PCV13 (ks. käyttöliittymä yllä kohdassa 'Vastaus'). Lisäksi mukana vertailussa voi olla käyttäjän valitsemat serotyypit sisältävä pneumokokkirokote sekä tilanne, jossa ei rokoteta. Tuloksena esitetään mallin mukainen vakavien pneumokokkitautitapausten lukumäärä Suomessa vuosittain ensin serotyyppikohtaisesti ja sen jälkeen erikseen eri ikäluokissa. Ohjelmakoodi perustuu viitteen [1] liitetiedostoon S1.

Alkuperäinen koodi arkistoitu täällä.

Herkkyysanalyysi

Epidemiologisen mallin herkyyttä rokotteisiin sisältyvien serotyyppien oletetun suojan suhteen tarkastellaan erillisellä sivulla: herkkyysanalyysi. Herkkyysanalyysin perusteella mallin antamiin ennusteisiin eniten vaikuttava oletus liittyy serotyypin 3 rooliin 13-valenttisessa rokotteessa.

Funktioiden alustus (vain sovelluskehittäjille)

Mallissa käytetään samoja funktioita ja ovariableja kuin englanninkielisessä mallissa. Katso siis op_en:Epidemiological modelling#Initiate functions.

Katso myös

Tämä rokotehankintakeskustelu toimitettiin tiedoksi kansalliselle rokotusasiantuntijaryhmälle 8.9.2014.

Pneumokokkirokotteen hankinta kansalliseen rokotusohjelmaan
Arvioinnin osat

ROKOTEKYSELY - VASTAA TÄSTÄ · Rokotteen vertailuperusteet · Epidemiologinen malli · Taloudellinen arviointi

Englanninkieliset sivut

Tendering process for pneumococcal conjugate vaccine · Comparison criteria for vaccine · Epidemiological modelling · Economic assessment

Taustatietoa

Pneumokokki · Työjärjestys · Pneumokokkirokotevalmisteet · Kansallinen rokotusohjelma · Pneumokokkikonjugaattirokotteen vaikuttavuuden seuranta · Korvautuminen · Viitteet · Herkkyysanalyysi(Tal.arv.) · Rokotesanasto · Pneumokokkirokotteen turvallisuus

Tulosta: Koko materiaali · Pneumokokkirokotekysely


Viitteet

  1. ↑ 1,0 1,1 1,2 Nurhonen M, Auranen K (2014) Optimal Serotype Compositions for Pneumococcal Conjugate Vaccination under Serotype Replacement. PLoS Computational Biology 10(2): e1003477. [1]

Kommentoi

Noudettu kohteesta http://fi.opasnet.org/fi-opwiki/index.php?title=Epidemiologinen_malli&oldid=26415